COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-22 17:00:00 1.718991 2.269938 2.350172
2021-06-21 17:00:00 2.278901 2.278901 2.445242
2021-06-20 17:00:00 2.231679 2.231679 2.522471
2021-06-19 17:00:00 2.156796 2.156796 2.588747
2021-06-18 17:00:00 2.318952 2.318952 2.670648
2021-06-17 17:00:00 2.665138 2.665138 2.763437
2021-06-16 17:00:00 2.876397 2.876397 2.856250

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-22 17:00:00 1.160714 2.321429 2.253664
2021-06-21 17:00:00 2.512563 2.232143 2.283225
2021-06-20 17:00:00 1.749838 1.749838 2.254606
2021-06-19 17:00:00 1.715686 3.125000 2.283137
2021-06-18 17:00:00 1.781896 1.781896 2.317618
2021-06-17 17:00:00 2.231237 2.231237 2.380099
2021-06-16 17:00:00 2.803738 2.803738 2.501552

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-22 17:00:00 5.306122 5.306122 6.668449
2021-06-21 17:00:00 4.878049 1.470588 6.363140
2021-06-20 17:00:00 13.235294 13.235294 6.533361
2021-06-19 17:00:00 4.391892 4.391892 6.404906
2021-06-18 17:00:00 4.861111 4.861111 6.548420
2021-06-17 17:00:00 10.097720 10.097720 6.716821
2021-06-16 17:00:00 6.751055 6.751055 6.867141

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-22 17:00:00 0.714586 0.714586 2.306752
2021-06-21 17:00:00 2.247191 0.930233 2.420817
2021-06-20 17:00:00 3.716449 3.716449 2.532335
2021-06-19 17:00:00 4.946524 2.941176 2.654715
2021-06-18 17:00:00 3.543488 3.543488 2.753216
2021-06-17 17:00:00 3.209302 3.209302 2.865554
2021-06-16 17:00:00 2.896007 2.896007 3.021521

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-22 17:00:00 7.574537 7.574537 8.314875
2021-06-21 17:00:00 12.449799 12.449799 8.656243
2021-06-20 17:00:00 9.658422 9.658422 8.018695
2021-06-19 17:00:00 6.414398 6.414398 7.111771
2021-06-18 17:00:00 4.881387 4.881387 6.400011
2021-06-17 17:00:00 9.022039 9.022039 5.784911
2021-06-16 17:00:00 16.356513 16.356513 5.207713

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-22 17:00:00 2.591284 2.591284 5.018382
2021-06-21 17:00:00 9.782609 9.782609 5.396098
2021-06-20 17:00:00 6.013180 6.013180 5.640740
2021-06-19 17:00:00 6.296547 6.296547 5.778118
2021-06-18 17:00:00 4.637492 4.637492 6.030662
2021-06-17 17:00:00 6.425993 6.425993 6.264034
2021-06-16 17:00:00 3.935310 3.935310 6.355558

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-22 17:00:00 1.473477 1.473477 1.331930
2021-06-21 17:00:00 0.692042 0.189573 1.306971
2021-06-20 17:00:00 0.608167 0.608167 1.324401
2021-06-19 17:00:00 0.918555 1.421801 1.421720
2021-06-18 17:00:00 2.180095 2.180095 1.480800
2021-06-17 17:00:00 2.024648 2.024648 1.619543
2021-06-16 17:00:00 2.777778 2.777778 1.688007

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-22 17:00:00 2.191294 2.191294 3.012101
2021-06-21 17:00:00 3.347478 3.347478 3.036825
2021-06-20 17:00:00 2.375131 2.375131 3.114369
2021-06-19 17:00:00 2.594400 2.594400 3.218294
2021-06-18 17:00:00 4.603821 4.603821 3.323165
2021-06-17 17:00:00 2.928870 2.928870 3.451480
2021-06-16 17:00:00 3.770103 3.770103 3.559657

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-22 17:00:00 0.775795 0.775795 1.221966
2021-06-21 17:00:00 1.109570 1.109570 1.215350
2021-06-20 17:00:00 1.453958 1.453958 1.195446
2021-06-19 17:00:00 7.909605 1.159901 1.211733
2021-06-18 17:00:00 1.545894 1.545894 1.190528
2021-06-17 17:00:00 1.491301 1.491301 1.224632
2021-06-16 17:00:00 1.127214 1.694232 1.226557

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-22 17:00:00 1.218333 1.218333 1.283718
2021-06-21 17:00:00 1.367606 0.689598 1.280191
2021-06-20 17:00:00 1.154275 1.154275 1.345054
2021-06-19 17:00:00 1.064387 1.520439 1.400399
2021-06-18 17:00:00 0.859793 0.859793 1.462855
2021-06-17 17:00:00 1.799007 1.799007 1.560112
2021-06-16 17:00:00 2.126952 2.126952 1.643923

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-22 17:00:00 1.818182 1.818182 1.745635
2021-06-21 17:00:00 0.000000 1.441441 1.666426
2021-06-20 17:00:00 1.547988 1.547988 1.733688
2021-06-19 17:00:00 1.357082 1.357082 1.806671
2021-06-18 17:00:00 2.522523 2.522523 1.908124
2021-06-17 17:00:00 1.772152 1.772152 2.022480
2021-06-16 17:00:00 2.165795 2.165795 2.095532

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-22 17:00:00 0.280899 0.280899 1.590817
2021-06-21 17:00:00 0.000000 0.000000 1.583171
2021-06-20 17:00:00 2.558635 2.558635 1.554676
2021-06-19 17:00:00 1.763224 1.763224 1.536033
2021-06-18 17:00:00 2.090592 3.287671 1.462639
2021-06-17 17:00:00 2.222222 1.069519 1.418513
2021-06-16 17:00:00 0.254453 0.254453 1.343026

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-22 17:00:00 1.587302 4.232804 5.121656
2021-06-21 17:00:00 4.545455 12.121212 4.856529
2021-06-20 17:00:00 5.298013 5.298013 4.975687
2021-06-19 17:00:00 4.469274 4.469274 5.266441
2021-06-18 17:00:00 6.428571 6.428571 4.961349
2021-06-17 17:00:00 8.154506 3.433476 4.920635
2021-06-16 17:00:00 4.444444 4.444444 4.801181

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-22 17:00:00 0.509338 0.509338 0.788981
2021-06-21 17:00:00 1.197605 0.311526 0.783393
2021-06-20 17:00:00 0.521512 0.521512 0.852444
2021-06-19 17:00:00 0.849257 0.849257 0.906044
2021-06-18 17:00:00 1.246106 1.246106 1.049613
2021-06-17 17:00:00 1.710731 1.710731 1.147399
2021-06-16 17:00:00 0.505689 0.505689 1.354724

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-22 17:00:00 0.837989 0.837989 1.035935
2021-06-21 17:00:00 0.920387 0.920387 1.127043
2021-06-20 17:00:00 0.822499 0.822499 1.187696
2021-06-19 17:00:00 0.876145 0.876145 1.251419
2021-06-18 17:00:00 0.974954 0.974954 1.356541
2021-06-17 17:00:00 1.466395 1.466395 1.482338
2021-06-16 17:00:00 1.666667 1.666667 1.617397

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-22 17:00:00 3.747454 3.747454 4.902869
2021-06-21 17:00:00 1.660839 1.660839 4.875396
2021-06-20 17:00:00 7.627119 7.627119 5.102151
2021-06-19 17:00:00 5.754717 5.754717 5.439046
2021-06-18 17:00:00 4.746977 4.746977 5.707047
2021-06-17 17:00:00 5.232558 5.232558 5.820438
2021-06-16 17:00:00 6.345609 6.345609 6.253486

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-22 17:00:00 0.227964 0.376884 0.687762
2021-06-21 17:00:00 0.692042 0.692042 0.808266
2021-06-20 17:00:00 0.812274 0.812274 0.838297
2021-06-19 17:00:00 0.731159 0.731159 0.893994
2021-06-18 17:00:00 0.494743 0.494743 0.939000
2021-06-17 17:00:00 0.147493 0.147493 0.956055
2021-06-16 17:00:00 1.715511 1.715511 1.039956

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-22 17:00:00 2.378398 2.378398 3.660966
2021-06-21 17:00:00 3.591044 3.591044 3.758711
2021-06-20 17:00:00 5.308691 5.308691 3.867686
2021-06-19 17:00:00 4.144960 4.144960 4.007891
2021-06-18 17:00:00 4.855755 4.855755 4.124553
2021-06-17 17:00:00 4.426325 4.426325 4.251623
2021-06-16 17:00:00 2.670482 2.670482 4.384072

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-22 17:00:00 0.519967 1.216722 1.281337
2021-06-21 17:00:00 2.304147 0.935940 1.314737
2021-06-20 17:00:00 1.380176 1.380176 1.394001
2021-06-19 17:00:00 1.347240 1.347240 1.499489
2021-06-18 17:00:00 1.329629 1.329629 1.596134
2021-06-17 17:00:00 1.103956 1.103956 1.716221
2021-06-16 17:00:00 2.061856 2.061856 1.809366

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-22 17:00:00 1.400000 1.400000 3.033725
2021-06-21 17:00:00 1.428571 1.428571 3.036593
2021-06-20 17:00:00 6.699752 6.699752 3.030010
2021-06-19 17:00:00 1.980198 1.980198 3.127302
2021-06-18 17:00:00 3.178484 3.178484 3.128677
2021-06-17 17:00:00 4.051173 4.051173 3.257831
2021-06-16 17:00:00 2.251407 2.251407 3.306642

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-22 17:00:00 0.961538 0.961538 1.613627
2021-06-21 17:00:00 0.000000 0.000000 1.629785
2021-06-20 17:00:00 1.951220 1.951220 1.581961
2021-06-19 17:00:00 1.657459 1.657459 1.582075
2021-06-18 17:00:00 1.428571 1.428571 1.637253
2021-06-17 17:00:00 3.030303 3.030303 1.677958
2021-06-16 17:00:00 0.961538 0.961538 1.753395

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-22 17:00:00 4.109589 4.109589 3.190453
2021-06-21 17:00:00 0.778210 0.778210 3.386691
2021-06-20 17:00:00 1.893664 1.893664 3.600984
2021-06-19 17:00:00 3.393798 3.393798 3.748798
2021-06-18 17:00:00 3.638201 3.638201 3.940192
2021-06-17 17:00:00 2.939759 2.939759 4.125301
2021-06-16 17:00:00 3.619130 3.619130 4.346075

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.160714 2.321429 2.253664
Basilicata 5.306122 5.306122 6.668449
Calabria 0.714586 0.714586 2.306752
Campania 7.574537 7.574537 8.314875
Emilia-Romagna 2.591284 2.591284 5.018382
Friuli Venezia Giulia 1.473477 1.473477 1.331930
Lazio 2.191294 2.191294 3.012101
Liguria 0.775795 0.775795 1.221966
Lombardia 1.218333 1.218333 1.283718
Marche 1.818182 1.818182 1.745635
Molise 0.280899 0.280899 1.590817
P.A. Bolzano 1.587302 4.232804 5.121656
P.A. Trento 0.509338 0.509338 0.788981
Piemonte 0.837989 0.837989 1.035935
Puglia 3.747454 3.747454 4.902869
Sardegna 0.227964 0.376884 0.687762
Sicilia 2.378398 2.378398 3.660966
Toscana 0.519967 1.216722 1.281337
Umbria 1.400000 1.400000 3.033725
Valle d'Aosta 0.961538 0.961538 1.613627
Veneto 4.109589 4.109589 3.190453

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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